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VI Escuela Regional de Microbiología

16-27 de noviembre de 2020

 

Microbiomas: lo que las bacterias tienen para decirnos

 
Información

La Escuela Regional de Microbiología es un evento de actualización y formación intensiva a nivel de postgrado cuyo objetivo principal es integrar a jóvenes microbiólogos de la región y brindarles conocimiento y entrenamiento. Se realiza bianualmente, desde hace ya diez años.

En esta edición, el tema central es el papel que poseen las comunidades microbianas en modelar y contribuir a la salud de distintos ambientes. Durante la escuela se brindarán conocimientos teóricos sobre la relevancia de los microbiomas en la salud de ambientes naturales e industriales así como de microbiomas de insectos, de mamíferos y de plantas. A través de la aplicación de las últimas aproximaciones desarrolladas en el campo de las tecnologías denominadas “ómicas” y de la interpretación de los resultados obtenidos se buscará responder distintas preguntas biológicas de los distintos microbiomas.

Debido a la situación actual, esta edición de la Escuela se realizará en modalidad semi-presencial para estudiantes Uruguayos y en modalidad virtual para estudiantes extranjeros

 

Docentes invitados

Verónica Molina

Observatorio de Ecología Microbiana, Universidad de Playa Ancha, Valparaíso, Chile

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Osvaldo Ulloa

Departamento de Oceanografía, Universidad de Concepción y Instituto Milenio de Oceanografía. Chile.

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Javier Bravo

NeuroGastroBiochemistry group. Laboratorio de Química Biológica, Instituto de Química. Universidad Católica de Valparaíso (PUCV). Chile.

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Adina Howe

Department of Agricultural and Biosystems Engineering; Iowa State University. USA.

Alexandra Stoll

Laboratorio de Microbiología Aplicada. Centro de Estudios Avanzados en Zonas Áridas (CEAZA), Universidad de La Serena. Chile.

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Leonardo Erijman

Departamento de Fisiología Molecular y Biología Celular; Universidad de Buenos Aires. Argentina.

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Adrián Pinto

Centro de Investigación en Estructuras Microscópicas y Departamento de Bioquímica. Universidad de Costa Rica.

Benjamin Dainat

Benjamin Dainat

Agroscope Swiss Bee Research Centre. University of Bern. Suiza.

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Frederick Cohan

Department of Biology, Wesleyan University. EEUU

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Docentes nacionales

Claudia Piccini

Profesor Agregado de Investigación. Grupo de Ecología microbiana acuática. Departamento de Microbiología. IIBCE.

Claudia Etchebehere

Profesor Agregado de Investigación. Laboratorio de Ecología Microbiana. Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas. IIBCE.

Karina Antúnez

Profesor Adjunto de Investigación. Grupo de investigación en salud de las abejas melíferas. Departamento de Microbiología. IIBCE.

Gastón Azziz

Profesor Adjunto. Laboratorio de Microbiología. Facultad de Agronomía, UdelaR

Raúl Platero

Profesor Adjunto de Investigación. Grupo de investigación en beta-rizobios y leguminosas nativas. Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, IIBCE.

Pablo Zunino

Profesor Titular de Investigación. Responsable del Departamento de Microbiología, IIBCE.

María Inés Siri

Profesora Adjunta de Microbiología. Laboratorio de Microbiología Molecular, Departamento de Biociencias, Facultad de Química, UdelaR.

Ángela Cabezas

Profesor asociado. Laboratorio de Microbiología Ambiental y Biotecnología (LabMAB). Instituto Tecnológico Regional Centro Sur. UTEC.

Martín Fraga

Investigador Principal. Plataforma de Investigación en Salud Animal, INIA.

Pablo Smircich

Profesor Adjunto. Departamento de Genómica. IIBCE

Sofía Fernandez

Asistente de Investigación. Grupo de investigación en Microbiota y salud; enfoques en salud humana y animal. Departamento de Microbiología, IIBCE.

Federico Battistoni

Profesor Agregado de Investigación. Interacción Planta Microorganismo. Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas. IIBCE.

 
 

Programa semana 1

16 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 10:00

Bienvenida a la VI Escuela Regional de Microbiología Claudia Piccini

10:00-12:00

Especies bacterianas, concepto, ecotipos

Frederick Cohan

12:00 - 14:00

Pausa para el almuerzo

14:00 - 16:00

Aproximaciones para el estudio de microbiomas

José Sotelo / Pablo Smircich

16:00- 17:30

Elevator Pitch a cargo de todos los estudiantes

17 de Noviembre

11:00-17:30

11:00 - 13:00

Usando los microbiomas para predecir los riesgos para los seres humanos en lagos de agua dulce

Adina Howe, Jaejin Lee

Resiliencia de genes de resistencia a antibióticos en ecosistemas agrícolas

Adina Howe, Jaejin Lee

13:30 - 14:30

Pausa para el almuerzo

14:30 – 17:30

Workshop: Identificando genes desde las secuencias: construcción y búsqueda sobre bases de datos locales

Adina Howe, Jaejin Lee, Paul Villanueva, Jia Liu,

18 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Rol del microbioma asociado a la rizósfera en la resiliencia de las plantas

Alexandra Stoll

11:00 - 11:30

Pausa

11:30 - 13:30

Microbioma de las plantas

Federico Battistoni

13:30 - 15:00

Pausa para el almuerzo

15:00 - 17:00

Trabajos grupales en paralelo

19 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Microbioma intestinal humano

Pablo Zunino

11:00 - 11:30

Pausa

11:30 - 13:30

Eje microbioma intestinal - cerebro

Javier Bravo 

13:30 - 15:00

Pausa para el almuerzo

15:00 - 17:00

Trabajos grupales en paralelo

20 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Microbiota de los bovinos: de terneros a adultos I

Martín Fraga / Sofía Fernández

11:00 - 11:30

Pausa

11:30 - 13:30

Microbiota de los bovinos: de terneros a adultos II

Martín Fraga / Sofía Fernández

13:30 - 15:00

Pausa para el almuerzo

15:00 - 17:00

Trabajos grupales en paralelo

Programa semana 2

23 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Microbiota intestinal de las abejas – un modelo versátil para entender la evolución y el funcionamiento de la comunidad microbiana I

Benjamín Dainat

11:00 - 11:30

Pausa

11:30 - 13:30

Microbiota intestinal de las abejas – un modelo versátil para entender la evolución y el funcionamiento de la comunidad microbiana II

Benjamín Dainat

13:30 - 15:00

Pausa para el almuerzo

15:00 - 17:00

Trabajos grupales en paralelo

24 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Microbioma de hormigas cortadoras de hojas

Adrián Pinto 

11:00 - 11:30

Pausa

11:30 - 13:30

Microbiomas de ambientes marinos profundos

Osvaldo Ulloa 

13:30 - 15:00

Pausa para el almuerzo

15:00 - 17:00

Trabajos grupales en paralelo

25 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Modulación de los microbiomas en la producción de energía a partir de desechos

Claudia Etchebehere / Ángela Cabezas

11:00 - 11:30

Pausa

11:30 - 13:30

Microbioma en tratamiento de aguas residuales

Leonardo Erijman

13:30 - 15:00

Pausa para el almuerzo

15:00 - 17:00

Trabajos grupales en paralelo

26 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Microbiomas a gran altitud

Verónica Molina / Cristina Dorador

11:00 - 11:30

Pausa

11:30 - 13:30

Resistoma antártico

Gastón Azziz

13:30 - 15:00

Pausa para el almuerzo

15:00 - 17:00

Trabajos grupales en paralelo

27 de Noviembre

9:00-17:30

9:00 - 11:00

Viromas y patógenos emergentes

Eduardo Volotao

11:00 – 11:30

Pausa

11:30 –

13:30

Examen final

 

Grupos prácticos

El estudiante seleccionará 2 opciones para finalmente trabajar en un grupo específico según disponibilidad de cupos

Sistemas de tratamiento de desechos

Docentes: Leonardo Erijman, Claudia Etchebehere, Angela Cabezas, Patricia Bovio, Laura Fuentes, Victoria de la Sovera

Los sistemas biológicos de tratamiento de residuos y aguas residuales se basan en el uso de comunidades microbianas complejas que degradan los contaminantes. Manejando estos sistemas es posible además obtener compuestos con valor agregado como hidrógeno, metano o ácidos orgánicos. Para poder optimizar los procesos es fundamental conocer cómo funcionan estas comunidades microbianas. En este curso se propone utilizar varias herramientas de biología molecular para estudiar los microbiomas de bio-reactores. Vamos a proponer diferentes preguntas y en base a esas preguntas se discutirá la estrategia de estudio. Mediante análisis estadístico se correlacionará la composición del microbioma con los resultados de operación de los bio-reactores

Microbioma de plantas

Docentes: Alexandra Stoll, Raúl Platero, Máximo González, Inés Siri, Federico Battistoni, Cecilia Rodríguez, Giovanni Larama 

La microbiota vegetal desempeña un papel fundamental en la adaptación, desarrollo y salud de las plantas. A su vez, la planta juega un papel activo en la selección de los microorganismos asociados a partir del ambiente en el que se desarrolla. El estudio de la diversidad e identificación de especies microbianas presentes es fundamental para el diseño de sistema agrícolas sustentables y para la conservación o restauración de ambientes silvestres. En este módulo discutiremos distintas aproximaciones para el estudio de las comunidades microbianas vegetales y del suelo. Utilizaremos datos de secuenciación masiva para estudiar el efecto del tipo de suelo y la disponibilidad de agua sobre la composición de la microbiota rizosférica. Se complementará con la discusión de diferentes ejemplos de estudio y desafíos metodológicos para el análisis de datos e interpretación de resultados.

Microbioma intestinal de las abejas

Docentes: Karina Antúnez, Benjamin Dainat, Loreley Castelli, Belén Branchiccela, Daniela Arredondo

Descripción

Microbioma de mamíferos

Docentes: Martín Fraga, Sofía Fernández

La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que residen en el intestino en forma simbiótica y desempeñan un papel crucial en el mantenimiento de la homeostasis tanto sistémica como de las mucosas. La composición de la microbiota del tracto gastrointestinal influye en la salud de los animales y en su productividad. La diversidad y la composición de la microbiota pueden verse afectadas por muchos factores, como la edad, la genética, la dieta y el ambiente. En este práctico se utilizará el software R y los paquetes dada2, phyloseq, ampvis y DESeq2 para procesar y analizar datos de secuenciación masiva del gen ribosomal 16S de microbiota intestinal asociada a animales. Se utilizarán técnicas de ordenación, métodos multivariados y tests estadísticos para determinar diferencias en la composición microbiana bajo diferentes condiciones. 

Microbioma y estructura de las comunidades acuáticas

Docentes: Claudia Piccini, Florencia Bertoglio, Gabriela Martínez de la Escalera, Ángel Segura

Descripción

Microbioma antártico

Docentes: Gastón Azziz, Matías Giménez

La Antártida es un ambiente que presenta oportunidades de investigación particulares. La combinación de ambientes muy poco perturbados con zonas de presencia humana determina que sea de especial interés para investigar aspectos básicos de la influencia humana en los ambientes.
En el taller propuesto utilizaremos metagenomas obtenidos de distintas zonas de la Antártida y buscaremos en ellos: i) genes determinantes de resistencia a antibióticos, ii) elementos genéticos móviles, iii) integrones. A través del análisis de la bibliografía existente discutiremos la presencia de estos elementos como posibles indicadores de influencia humana o como acervo genético natural del ambiente.

 
Inscripciones

Las inscripciones no tienen costo y se realizarán a través del siguiente formulario

Se recibirán inscripciones hasta el 13 de setiembre 

Organizadores

 

Claudia Etchebehere

 

Claudia Piccini

 

Karina Antúnez

 

María Inés Siri

 

Ángela Cabezas

 

Raúl Platero

 

Gastón Azziz

 

Vanesa Amarelle

 

Ana Umpiérrez

 

Sofía Fernández

 

Gabriela Martínez de la Escalera

 

César Iglesias

 
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Financian

Apoyan

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