VI Escuela Regional de Microbiología
16-27 de noviembre de 2020
Microbiomas: lo que las bacterias tienen para decirnos
Información
La Escuela Regional de Microbiología es un evento de actualización y formación intensiva a nivel de postgrado cuyo objetivo principal es integrar a jóvenes microbiólogos de la región y brindarles conocimiento y entrenamiento. Se realiza bianualmente, desde hace ya diez años.
En esta edición, el tema central es el papel que poseen las comunidades microbianas en modelar y contribuir a la salud de distintos ambientes. Durante la escuela se brindarán conocimientos teóricos sobre la relevancia de los microbiomas en la salud de ambientes naturales e industriales así como de microbiomas de insectos, de mamíferos y de plantas. A través de la aplicación de las últimas aproximaciones desarrolladas en el campo de las tecnologías denominadas “ómicas” y de la interpretación de los resultados obtenidos se buscará responder distintas preguntas biológicas de los distintos microbiomas.
Debido a la situación actual, esta edición de la Escuela se realizará en modalidad semi-presencial para estudiantes que residan en Uruguay, y en modalidad virtual para estudiantes extranjeros
Docentes invitados
Verónica Molina
Observatorio de Ecología Microbiana, Universidad de Playa Ancha, Valparaíso, Chile
Osvaldo Ulloa
Departamento de Oceanografía, Universidad de Concepción y Instituto Milenio de Oceanografía. Chile.
Javier Bravo
NeuroGastroBiochemistry group. Laboratorio de Química Biológica, Instituto de Química. Universidad Católica de Valparaíso (PUCV). Chile.
Adina Howe
Department of Agricultural and Biosystems Engineering; Iowa State University. USA.
Alexandra Stoll
Laboratorio de Microbiología Aplicada. Centro de Estudios Avanzados en Zonas Áridas (CEAZA), Universidad de La Serena. Chile.
Leonardo Erijman
Departamento de Fisiología Molecular y Biología Celular; Universidad de Buenos Aires. Argentina.
Adrián Pinto
Centro de Investigación en Estructuras Microscópicas y Departamento de Bioquímica. Universidad de Costa Rica.
Benjamin Dainat
Agroscope Swiss Bee Research Centre. University of Bern. Suiza.
Frederick Cohan
Department of Biology, Wesleyan University. EEUU
Massimiliano Cardinale
Department of Biological and Environmental Sciences and Technologies. University of Salento
Docentes nacionales
Claudia Piccini
Profesor Agregado de Investigación. Grupo de Ecología microbiana acuática. Departamento de Microbiología. IIBCE.
Claudia Etchebehere
Profesor Agregado de Investigación. Laboratorio de Ecología Microbiana. Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas. IIBCE.
Karina Antúnez
Profesor Adjunto de Investigación. Grupo de investigación en salud de las abejas melíferas. Departamento de Microbiología. IIBCE.
Gastón Azziz
Profesor Adjunto. Laboratorio de Microbiología. Facultad de Agronomía, UdelaR
Raúl Platero
Profesor Adjunto de Investigación. Grupo de investigación en beta-rizobios y leguminosas nativas. Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas, IIBCE.
Pablo Zunino
Profesor Titular de Investigación. Responsable del Departamento de Microbiología, IIBCE.
María Inés Siri
Profesora Adjunta de Microbiología. Laboratorio de Microbiología Molecular, Departamento de Biociencias, Facultad de Química, UdelaR.
Ángela Cabezas
Profesor asociado. Laboratorio de Microbiología Ambiental y Biotecnología (LabMAB). Instituto Tecnológico Regional Centro Sur. UTEC.
Martín Fraga
Investigador Principal. Plataforma de Investigación en Salud Animal, INIA.
Pablo Smircich
Profesor Adjunto. Departamento de Genómica. IIBCE
Sofía Fernandez
Asistente de Investigación. Grupo de investigación en Microbiota y salud; enfoques en salud humana y animal. Departamento de Microbiología, IIBCE.
Federico Battistoni
Profesor Agregado de Investigación. Interacción Planta Microorganismo. Departamento de Bioquímica y Genómica Microbianas. IIBCE.
Programa
(Los teóricos accesibles por YouTube se muestran en color anaranjado)
Link a YouTube
Lunes 16
9:00-17:30
9:00 - 9:15
Bienvenida a la VI Escuela Regional de Microbiología Claudia Etchebehere
9:15-10:00
Elevator Pitch a cargo de todos los estudiantes
10:00-12:00
The Origins of Ecological Diversity in Bacteria, from Ecotypes to Phyla
Frederick Cohan
12:00 - 14:00
Pausa para el almuerzo
14:00 - 16:00
Aproximaciones para el estudio de microbiomas
José Sotelo / Pablo Smircich
16:00- 17:30
Elevator Pitch a cargo de todos los estudiantes
Martes 17
11:00-17:30
11:00 - 13:00
Usando los microbiomas para predecir los riesgos para los seres humanos en lagos de agua dulce
Adina Howe, Jaejin Lee
Resiliencia de genes de resistencia a antibióticos en ecosistemas agrícolas
Adina Howe, Jaejin Lee
13:30 - 14:30
Pausa para el almuerzo
14:30 – 17:30
Workshop: Identificando genes desde las secuencias: construcción y búsqueda sobre bases de datos locales
Adina Howe, Jaejin Lee, Paul Villanueva, Jia Liu,
Miércoles 18
9:00-17:30
9:00 - 10:15
Rol del microbioma asociado a la rizósfera en la resiliencia de las plantas
Alexandra Stoll
10:15 - 11:30
The endophytic microbiota of olive cultivars with different susceptibility to Xylella fastidiosa infection
Massimiliano Cardinale
11:30-12:00
Pausa
12-13:30
El holobionte vegetal: Una mirada desde los endófitos
Federico Battistoni
13:30 - 15:00
Pausa para el almuerzo
15:00 - 17:00
Trabajos grupales en paralelo
Jueves 19
9:00-17:30
9:00 - 11:00
Microbioma intestinal humano
Pablo Zunino
11:00 - 11:30
Pausa
11:30 - 13:30
Eje microbioma intestinal - cerebro
Javier Bravo
13:30 - 15:00
Pausa para el almuerzo
15:00 - 17:00
Trabajos grupales en paralelo
Viernes 20
9:00-17:30
9:00 - 11:00
Microbiota de los bovinos: de terneros a adultos I
Martín Fraga / Sofía Fernández
11:00 - 11:30
Pausa
11:30 - 13:30
Microbiota de los bovinos: de terneros a adultos II
Martín Fraga / Sofía Fernández
13:30 - 15:00
Pausa para el almuerzo
15:00 - 17:00
Trabajos grupales en paralelo
Programa semana 2
Lunes 23
9:00-17:30
9:00 - 11:00
Microbiota intestinal de las abejas – un modelo versátil para entender la evolución y el funcionamiento de la comunidad microbiana I
Benjamín Dainat
11:00 - 11:30
Pausa
11:30 - 13:30
Microbiota intestinal de las abejas – un modelo versátil para entender la evolución y el funcionamiento de la comunidad microbiana II
Benjamín Dainat
13:30 - 15:00
Pausa para el almuerzo
15:00 - 17:00
Trabajos grupales en paralelo
Martes 24
9:00-17:30
9:00 - 11:00
Microorganismos simbiontes de insectos: ¿fuente de nuevos antibióticos?
Adrián Pinto
11:00 - 11:30
Pausa
11:30 - 13:30
Microbioma de la zona de mínimo oxígeno
Osvaldo Ulloa
13:30 - 15:00
Pausa para el almuerzo
15:00 - 17:00
Trabajos grupales en paralelo
Miércoles 25
9:00-17:30
9:00 - 11:00
Modulación de los microbiomas en la producción de energía a partir de desechos
Claudia Etchebehere / Ángela Cabezas
11:00 - 11:30
Pausa
11:30 - 13:30
Microbioma en tratamiento de aguas residuales
Leonardo Erijman
13:30 - 15:00
Pausa para el almuerzo
15:00 - 17:00
Trabajos grupales en paralelo
Jueves 26
9:00-17:30
9:00 - 11:00
Microbiomas a gran altitud
Verónica Molina / Cristina Dorador
11:00 - 11:30
Pausa
11:30 - 13:30
Resistoma antártico
Gastón Azziz
13:30 - 15:00
Pausa para el almuerzo
15:00 - 17:00
Trabajos grupales en paralelo
Viernes 27
9:00-17:30
9:00 - 11:00
Viromas y patógenos emergentes
Eduardo Volotao
11:00 – 11:30
Pausa
11:30 –13:30
Examen final
Grupos prácticos
Sistemas de tratamiento de desechos
Docentes: Claudia Etchebehere, Angela Cabezas, Patricia Bovio, Laura Fuentes, Mariángeles García, Leonardo Erijman y Leandro Guerrero
Los sistemas biológicos de tratamiento de residuos y aguas residuales se basan en el uso de comunidades microbianas complejas que degradan los contaminantes. Manejando estos sistemas es posible además obtener compuestos con valor agregado como hidrógeno, metano o ácidos orgánicos. Para poder optimizar los procesos es fundamental conocer cómo funcionan estas comunidades microbianas. En este curso se propone utilizar varias herramientas de biología molecular para estudiar los microbiomas de bio-reactores. Vamos a proponer diferentes preguntas y en base a esas preguntas se discutirá la estrategia de estudio. Mediante análisis estadístico se correlacionará la composición del microbioma con los resultados de operación de los bio-reactores
Microbioma de plantas
Docentes: Alexandra Stoll, Raúl Platero, Máximo González, Inés Siri, Federico Battistoni, Cecilia Rodríguez, Giovanni Larama, Andrés Ignacio Ávila Barrera, Massimiliano Cardinale
La microbiota vegetal desempeña un papel fundamental en la adaptación, desarrollo y salud de las plantas. A su vez, la planta juega un papel activo en la selección de los microorganismos asociados a partir del ambiente en el que se desarrolla. El estudio de la diversidad e identificación de especies microbianas presentes es fundamental para el diseño de sistema agrícolas sustentables y para la conservación o restauración de ambientes silvestres. En este módulo discutiremos distintas aproximaciones para el estudio de las comunidades microbianas vegetales y del suelo. Utilizaremos datos de secuenciación masiva para estudiar el efecto del tipo de suelo y la disponibilidad de agua sobre la composición de la microbiota rizosférica. Se complementará con la discusión de diferentes ejemplos de estudio y desafíos metodológicos para el análisis de datos e interpretación de resultados.
Microbioma intestinal de las abejas
Docentes: Karina Antúnez, Benjamin Dainat, Loreley Castelli, Belén Branchiccela, Daniela Arredondo
Descripción
Microbioma de mamíferos
Docentes: Martín Fraga, Sofía Fernández
La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que residen en el intestino en forma simbiótica y desempeñan un papel crucial en el mantenimiento de la homeostasis tanto sistémica como de las mucosas. La composición de la microbiota del tracto gastrointestinal influye en la salud de los animales y en su productividad. La diversidad y la composición de la microbiota pueden verse afectadas por muchos factores, como la edad, la genética, la dieta y el ambiente. En este práctico se utilizará el software R y los paquetes dada2, phyloseq, ampvis y DESeq2 para procesar y analizar datos de secuenciación masiva del gen ribosomal 16S de microbiota intestinal asociada a animales. Se utilizarán técnicas de ordenación, métodos multivariados y tests estadísticos para determinar diferencias en la composición microbiana bajo diferentes condiciones.
Microbioma y estructura de las comunidades acuáticas
Docentes: Claudia Piccini, Florencia Bertoglio, Gabriela Martínez de la Escalera
Descripción
Microbioma antártico
Docentes: Gastón Azziz, Matías Giménez
La Antártida es un ambiente que presenta oportunidades de investigación particulares. La combinación de ambientes muy poco perturbados con zonas de presencia humana determina que sea de especial interés para investigar aspectos básicos de la influencia humana en los ambientes.
En el taller propuesto utilizaremos metagenomas obtenidos de distintas zonas de la Antártida y buscaremos en ellos: i) genes determinantes de resistencia a antibióticos, ii) elementos genéticos móviles, iii) integrones. A través del análisis de la bibliografía existente discutiremos la presencia de estos elementos como posibles indicadores de influencia humana o como acervo genético natural del ambiente.
Organizadores
Claudia Etchebehere
Claudia Piccini
Karina Antúnez
María Inés Siri
Ángela Cabezas
Raúl Platero
Gastón Azziz
Vanesa Amarelle
Ana Umpiérrez
Sofía Fernández
Gabriela Martínez de la Escalera
César Iglesias
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